Quatre fonds européens sont les principaux outils de mise en œuvre de la politique de cohésion et de la politique agricole commune.

Le Fonds européen de développement régional : FEDER

Il contribue à la correction des déséquilibres régionaux en soutenant le développement économique dans les régions en retard ou en phase de reconversion.

Le FEDER peut intervenir au titre des trois nouveaux objectifs de la politique régionale :

Convergence
Dans les régions de l'objectif «convergence», le FEDER centre son intervention sur la modernisation et la diversification des structures économiques, ainsi que sur la sauvegarde ou la création d’emplois durables. La France métropolitaine n’est pas concernée par cet objectif.

Compétitivité régionale et emploi
Les priorités concernant l'objectif «compétitivité régionale et emploi» s'articulent autour de trois pôles:
- innovation et économie de la connaissance: renforcement des capacités régionales de recherche et développement technologique, stimulation de l’innovation et de l’esprit d’entreprise et renforcement de l’ingénierie financière, notamment pour les entreprises liées à l’économie de la connaissance;
- environnement et prévention des risques: réhabilitation des terrains contaminés, stimulation de l'efficacité énergétique, promotion des transports publics urbains propres et élaboration de plans pour prévenir et gérer les risques naturels et technologiques;
- accès aux services de transports et de télécommunications d'intérêt économique général.

Coopération territoriale européenne
En ce qui concerne l'objectif «coopération territoriale européenne», le FEDER centre son aide sur trois axes:
- développement d'activités économiques et sociales transfrontalières;
- établissement et développement de la coopération transnationale, y compris la coopération bilatérale entre les régions maritimes;
- renforcement de l'efficacité de la politique régionale par la promotion et la coopération interrégionale, la mise en réseau et l'échange d'expérience entre les autorités régionales et locales.

En bref, le FEDER finance:

- des aides directes aux investissements réalisés dans les entreprises (en particulier les PME) afin de créer des emplois durables;
- des infrastructures liées notamment à la recherche et l’innovation, aux télécommunications, à l’environnement, à l’énergie et au transport; 
- des instruments financiers (fonds de capital-risque, fonds de développement local, etc.) afin de soutenir le développement régional et local et favoriser la coopération entre les villes et les régions;
- des mesures d'assistance technique.

Le Fonds social européen : FSE

Le FSE vise à améliorer l’emploi et les possibilités d’emploi dans l’Union européenne. C’est un instrument direct de lutte contre le chômage qui finance des projets de formation et d’aide à l’embauche, en particulier pour les publics désavantagés.

Il intervient dans le cadre des objectifs «convergence » et «compétitivité régionale et emploi».

Le FSE soutient les actions des Etats dans les domaines suivants :

 - adaptation des travailleurs et des entreprises: systèmes d'apprentissage tout au long de la vie, conception et diffusion d’organisations du travail novatrices;
- accès à l'emploi des demandeurs d'emploi, des personnes inactives, des femmes et des migrants;
- intégration sociale des personnes défavorisées et lutte contre la discrimination sur le marché du travail;
- renforcement du capital humain par la réforme des systèmes éducatifs et mise en réseau des établissements d’enseignement.

Le Fonds européen agricole pour le développement rural : FEADER

Le FEADER intervient dans le cadre du deuxième pilier de la PAC en finançant les programmes de développement rural. Le soutien au développement rural consiste à promouvoir une approche globale et coordonnée des territoires ruraux dans leurs diverses composantes sociales, économiques, environnementales.

Il s’articule autour de quatre objectifs :
- l’amélioration de la compétitivité de l’agriculture et de la sylviculture par un soutien à la restructuration, au développement et à l’innovation ;
- l’amélioration de l’environnement et de l’espace rural par un soutien à la gestion des terres ;
- l’amélioration de la qualité de vie en milieu rural et la promotion de la diversification des activités économiques ;
- la conception de stratégies locales intégrées et la réalisation concrète d’actions par des partenaires locaux (l’axe « LEADER », Liaison Entres Actions de Développement de l’Economie Rurale).

Le Fonds européen pour la pêche : FEP

(ex IFOP : Instrument Financier d’Orientation de la pêche). Avec un espace maritime très étendu, l’Europe, et en particulier la France, a besoin de soutenir les zones dépendantes de la pêche en les aidant à diversifier leurs activités, à moderniser leur production et à se mettre en harmonie avec les impératifs de protection de l’environnement.
Le FEP est le principal instrument financier de la Politique Commune pour la Pêche, destinée à favoriser une exploitation durable des ressources aquatiques vivantes et de l’aquaculture dans le cadre du développement durable, en tenant compte de manière équilibrée des aspects environnementaux, économiques et sociaux.

Il apporte un soutien au secteur de la pêche et de l’aquaculture, selon quatre axes :
- l’adaptation de la flotte de pêche communautaire ;
- l’aquaculture, la pêche dans les eaux intérieures, la transformation et la commercialisation des produits de la pêche et de l’aquaculture ;
- les opérations visant à promouvoir l’intérêt collectif du secteur ;
- le développement durable des zones de pêche.